وان کدکس می خواهد جستجوی DNA را به آسانی جستجو در گوگل کند

چندین سال پیش، توالی یابی ژنوم انسان کار بسیار هزینه بر و سنگینی بود و مشخص کردن جایگاه ژن ها روی هر کروموزوم، هزاران دلار خرج بر می داشت اما در حال حاضر این پروسه به حد کافی مقرون به صرفه شده که متخصصین سلامت برای ارزیابی حال مریض شان می توانند به اندازه چند پتابایت توالی ژنوم را در دست داشته باشند اما استفاده از آن ها مسئله دیگری است.

الگوریتم فعلی جستجوی ژن BLAST نام دارد که به حد کافی هم سریع نیست اما یک شرکت قصد دارد الگوی جدیدی برای کنکاش در توالی ژن ها معرفی کند که «کدکس وان» نام دارد. این جستجوگر ژنتیکی به طور میانگین سرعتی 1500 برابری الگوریتم های قدیمی دارد.

این ابزار در حال حاضر فاز بتا را سپری می کند ولی نتایج اولیه بسیار امیدوارکننده بوده اند. برای مثال فرایند تشخیص یک توالی توسط BLAST تقریبا 2 دقیقه و 30 ثانیه به طول انجامید در حالی که همان داده در زمان یک بیستم ثانیه در وان کدکس پاسخ می دهند که این یعنی سیستم جدید در این مورد خاص 3 هزار برابر سریع تر عمل کرده. سرعت عمل بالاتر قطعا در آینده به کمک متخصصین بسیاری خواهد آمد که دنبال پاسخ های سریع می گردند.

نیک گرینفیلد (یکی از دو موسس پروژه)

به جای استفاده از تست های مخصوص برای توبرکلوزیس، دکترها نمونه هایی از بدن می گیرند، نمونه را توالی یابی کرده و آن اطلاعات زیستی را تبدیل به اطلاعات قابل بررسی می کنند. سپس به صورتی جامع، جستجوگر ویژگی های اصلی پاتوژن را به شما می گوید. ویژگی هایی مانند نوع باکتری، لایه های مقاومتی آن و به طور کلی بیان می کند که آیا شما ناقل هستید یا خیر.

مایکوباکتریوم توبرکلوسیز، نوعی باکتری است که باعث بیماری سل می شود و پاتوژن به طور کلی به ساختارهای بیماری زا از جمله برخی باکتری ها، ویروس ها و قارچ ها گفته می شود. به عنوان مثال توبرکلوسیز نوعی پاتوژن محسوب می شود. توالی یابی نیز به فرآیند یافتن جایگاه ژن روی کروموزوم گفته می شود. در حقیقت توالی یابی ژنوم یک بیماری مثل توبرکلوسیز، اطلاعاتی جامع از آن باکتری در اختیار متخصصین قرار می دهد تا راحت تر بتوانند با آن مبارزه کنند.

مسلما اطلاعات بالا اگر کارآمد باشند فوق العاده خواهند بود. در حال حاضر، دیتابیس این جستجوگر قابلیت شناسایی 30 هزار باکتری، ویروس و قارج را دارد که این رقم در حال افزایش است. البته وان کدکس احتمالا موتور جستجویی نیست که هر شخصی بخواهد از آن استفاده کند اما حداقل می توان در دراز مدت از اینکه چنین تکنولوژی ای وجود دارد خوشحال بود.