وان کدکس می خواهد جستجوی DNA را به آسانی جستجو در گوگل کند

چندین سال پیش، توالی یابی ژنوم انسان کار بسیار هزینه بر و سنگینی بود و مشخص کردن جایگاه ژن ها روی هر کروموزوم، هزاران دلار خرج بر می داشت اما در حال حاضر این پروسه به حد کافی مقرون به صرفه شده که متخصصین سلامت برای ارزیابی حال مریض شان می توانند به اندازه چند پتابایت توالی ژنوم را در دست داشته باشند اما استفاده از آن ها مسئله دیگری است.

الگوریتم فعلی جستجوی ژن BLAST نام دارد که به حد کافی هم سریع نیست اما یک شرکت قصد دارد الگوی جدیدی برای کنکاش در توالی ژن ها معرفی کند که «کدکس وان» نام دارد. این جستجوگر ژنتیکی به طور میانگین سرعتی 1500 برابری الگوریتم های قدیمی دارد.

این ابزار در حال حاضر فاز بتا را سپری می کند ولی نتایج اولیه بسیار امیدوارکننده بوده اند. برای مثال فرایند تشخیص یک توالی توسط BLAST تقریبا 2 دقیقه و 30 ثانیه به طول انجامید در حالی که همان داده در زمان یک بیستم ثانیه در وان کدکس پاسخ می دهند که این یعنی سیستم جدید در این مورد خاص 3 هزار برابر سریع تر عمل کرده. سرعت عمل بالاتر قطعا در آینده به کمک متخصصین بسیاری خواهد آمد که دنبال پاسخ های سریع می گردند.

hamrah-mechanic
نیک گرینفیلد (یکی از دو موسس پروژه)

نیک گرینفیلد (یکی از دو موسس پروژه)

به جای استفاده از تست های مخصوص برای توبرکلوزیس، دکترها نمونه هایی از بدن می گیرند، نمونه را توالی یابی کرده و آن اطلاعات زیستی را تبدیل به اطلاعات قابل بررسی می کنند. سپس به صورتی جامع، جستجوگر ویژگی های اصلی پاتوژن را به شما می گوید. ویژگی هایی مانند نوع باکتری، لایه های مقاومتی آن و به طور کلی بیان می کند که آیا شما ناقل هستید یا خیر.

مایکوباکتریوم توبرکلوسیز، نوعی باکتری است که باعث بیماری سل می شود و پاتوژن به طور کلی به ساختارهای بیماری زا از جمله برخی باکتری ها، ویروس ها و قارچ ها گفته می شود. به عنوان مثال توبرکلوسیز نوعی پاتوژن محسوب می شود. توالی یابی نیز به فرآیند یافتن جایگاه ژن روی کروموزوم گفته می شود. در حقیقت توالی یابی ژنوم یک بیماری مثل توبرکلوسیز، اطلاعاتی جامع از آن باکتری در اختیار متخصصین قرار می دهد تا راحت تر بتوانند با آن مبارزه کنند.

مسلما اطلاعات بالا اگر کارآمد باشند فوق العاده خواهند بود. در حال حاضر، دیتابیس این جستجوگر قابلیت شناسایی 30 هزار باکتری، ویروس و قارج را دارد که این رقم در حال افزایش است. البته وان کدکس احتمالا موتور جستجویی نیست که هر شخصی بخواهد از آن استفاده کند اما حداقل می توان در دراز مدت از اینکه چنین تکنولوژی ای وجود دارد خوشحال بود.

malltina

مطالب مرتبط

سیستم DORIS و انقلابی در ذخیره‌سازی اطلاعات در DNA

طبیعت در بسیاری از زمینه‌ها عملکرد بالاتری نسبت به فناوری دارد که یکی از آن‌ها، ذخیره‌سازی اطلاعات است. DNA می‌تواند حجم بالایی دیتا ذخیره کند و حالا به لطف توسعه سیستم «DORIS»، ذخیره‌سازی اطلاعات در DNA مصنوعی می‌تواند کاربرد بیشتری در آینده داشته باشد.هر گرم از DNA می‌تواند حاوی ۲۱۵ میلیون گیگابایت اطلاعات باشد و... ادامه مطلب

ویروس کرونا در مورچه‌خوار پولک‌دار شناسایی شد؛ حلقه مفقود انتقال کرونا به انسان

محققان با بررسی ژنوم پانگولین یا مورچه خوار پولک دار که غذای مورد علاقه برخی در آسیای شرقی است، به وجود دو گروه از ویروس های کرونا پی برده اند که با عامل بیماری کووید-۱۹ ارتباط تنگاتنگی دارند.شیوع روز افزون بیماری کووید-۱۹ در دنیا ناشی از گونه جدید ویروس کرونا به نام SARS-CoV-2 است که ظاهرا منشا... ادامه مطلب

تحلیل DNA تایید کرد که زنان وایکینگ جنگجویانی شجاع بوده اند

باستان شناسان اخیرا یک آرامگاه سنگی متعلق به وایکینگ ها را بررسی کرده اند که حاوی بقایای جسد یک جنگجوی زن در قرن دهم میلادی است و این اولین شواهد باستان شناسی در تایید جایگاه بالای زنان در فرهنگ وایکینگ هاست.این کشف توسط محققان دانشگاه های اوپسالا و استکهلم انجام شده و نتایج مربوط به... ادامه مطلب

کشف بیش از 300 ویروس بزرگ با قابلیت های عجیب

محققان چندین ویروس عجیب از نقاط مختلف دنیا کشف کردند. آنها باکتریوفاژ (فاژ) یا همان ویروس هایی را کشف کرده اند که به باکتری ها حمله کرده و آنها را از بین می برند. این جانداران بسیار کوچک از نظر ابعاد، بسیار بزرگ تر از ویروس های معمولی بوده و توانایی ها پیچیده ای دارند... ادامه مطلب

صندوق سرمایه‌گذاری جسورانه فیروزه به صورت رسمی آغاز به کار خواهد کرد

گروه مالی فیروزه پس از فعالیت‌های مختلف در زمینه سرمایه‌گذاری، این بار با چشم‌اندازی روشن دیگری و در راستای تداوم سرمایه‌گذاری‌های آتی اقدام به تاسیس صندوق سرمایه‌گذاری جسورانه کرده است.در نشست خبری آغاز فعالیت رسمی صندوق سرمایه گذاری جسورانه فیروزه که صبح امروز (۱۶ بهمن ماه) برگزار شد، «رادمان ربیعی» معاونت سرمایه‌گذاری جسورانه گروه مالی فیروزه... ادامه مطلب

کشف گونه جدید کوسه راه رونده در اندونزی [تماشا کنید]

محققان چهار گونه کوسه جدید کشف کرده اند که به کمک باله های خود در کف دریا «راه» می روند. این شیوه حرکتی در کوسه ها بسیار نادر بوده و برتری بزرگی به این جاندار برای شکار طعمه های کوچک می دهد.محققان این گونه های خارق العاده را در آب های استوایی مجمع الجزایر هند-استرالیا... ادامه مطلب

ویجیاتو

نظرات ۱۲

وارد شوید

برای گفتگو با کاربران، وارد حساب کاربری خود شوید.

ورود

رمزتان را گم کرده‌اید؟